Le San Diego–La Jolla Underwater Park est devenu la première aire marine protégée de Californie en 1971, établissant 6 000 acres de réserve écologique le long du littoral de grès de La Jolla. Les forêts de varech de la crique abritent plus de 70 espèces de poissons, tandis que les grottes marines adjacentes — sculptées par des millénaires d'action des vagues à travers le grès de Torrey — créent un labyrinthe sous-marin accessible uniquement par l'eau. La population de requins-léopards atteint son apogée entre juin et novembre, lorsque des centaines d'entre eux se rassemblent dans les chenaux sableux peu profonds entre les bancs de varech. Les opérateurs d'excursions de snorkeling à La Jolla Cove travaillent dans le respect de réglementations strictes en matière de sanctuaire marin, qui limitent la taille des groupes et interdisent tout contact avec la faune. La colonie d'otaries de Californie à Point La Jolla compte environ 200 individus toute l'année, avec des petits nés pendant les mois d'été. Les plongeurs rencontrent régulièrement la garibaldi — poisson marin officiel de Californie, un poisson-demoiselle orange vif que l'on ne trouve nulle part ailleurs sur Terre. La clarté de l'eau de la crique dépasse 9 mètres les matins calmes, révélant des récifs de granit colonisés par des oursins violets, des étoiles de mer ocre et des patelles géantes. Les sept grottes marines situées le long de Coast Boulevard se sont formées il y a plus de 75 millions d'années, lorsque le Pacifique a érodé les couches de sédiments plus tendres au sein des falaises de l'ère éocène. Sunny Jim Cave — la seule grotte accessible par voie terrestre — a ouvert ses portes aux touristes en 1902 après que l'ingénieur allemand Gustav Schultz a sculpté à la main un tunnel de 145 marches à travers la roche mère. Les autres grottes nécessitent une embarcation pour y pénétrer, Clam's Cave et White Lady Cave s'étendant sur plus de 30 mètres à l'intérieur de la falaise. Les excursions guidées de snorkeling parcourent ces chambres lorsque la houle est faible, révélant des arches submergées et des chenaux de ressac. Le statut protégé de la réserve interdit la pêche, la collecte et le mouillage, permettant aux populations marines de se remettre de décennies de surexploitation. Les langoustes de Californie s'abritent désormais dans les pieds de varech, et les requins-léopards retournent chaque été dans les mêmes plaines sablonneuses pour mettre bas. Le modèle de parc sous-marin établi à La Jolla a depuis été reproduit dans 124 aires marines protégées le long des 1 770 kilomètres de côte californienne.