Der San Diego–La Jolla Underwater Park wurde 1971 zum ersten Meeresschutzgebiet Kaliforniens erklärt und umfasst 6.000 Hektar ökologisches Reservat entlang der Sandsteinküste von La Jolla. Die Kelpwälder der Bucht beherbergen über 70 Fischarten, während die angrenzenden Meereshöhlen – die über Jahrtausende durch Wellenbewegungen in den Torrey-Sandstein gegraben wurden – ein Unterwasserlabyrinth bilden, das nur vom Wasser aus zugänglich ist. Die Population der Leopardhaie erreicht zwischen Juni und November ihren Höhepunkt, wenn sich Hunderte von ihnen in den flachen Sandrinnen zwischen den Kelpfeldern versammeln. Anbieter von La Jolla Cove Schnorcheltouren arbeiten nach strengen Vorschriften für Meeresschutzgebiete, die Gruppengrößen begrenzen und den Kontakt mit Wildtieren untersagen. Die Kolonie der Kalifornischen Seelöwen am Point La Jolla umfasst ganzjährig etwa 200 Tiere, wobei die Jungtiere in den Sommermonaten geboren werden. Schnorchler begegnen regelmäßig dem Garibaldi – Kaliforniens offiziellem Staatsfisch, einem leuchtend orangefarbenen Riffbarsch, den es nirgendwo sonst auf der Welt gibt. Die Sichtweite im Wasser der Bucht übersteigt an ruhigen Vormittagen 9 Meter und gibt den Blick auf Granitriffe frei, die von violetten Seeigeln, ockerfarbenen Seesternen und Napfschnecken besiedelt sind. Die sieben Meereshöhlen entlang des Coast Boulevard entstanden über 75 Millionen Jahre, als der Pazifik weichere Sedimentschichten innerhalb der Klippen aus dem Eozän abtrug. Die Sunny Jim Cave – die einzige vom Land aus zugängliche Höhle – wurde 1902 für Touristen geöffnet, nachdem der deutsche Ingenieur Gustav Schultz einen 145 Stufen langen Tunnel durch das Grundgestein von Hand gegraben hatte. Die restlichen Höhlen erfordern den Zugang mit Wasserfahrzeugen, wobei sich die Clam's Cave und die White Lady Cave über 30 Meter tief in die Felswand erstrecken. Geführte Schnorcheltouren navigieren bei geringem Wellengang durch diese Kammern, wenn untergetauchte Bögen und Strömungskanäle sichtbar werden. Der Schutzstatus des Reservats verbietet Fischen, Sammeln und Ankern, was es den Meerespopulationen ermöglicht, sich von Jahrzehnten der Überfischung zu erholen. Kalifornische Langusten verstecken sich heute in den Wurzeln der Kelpwälder, und Leopardhaie kehren jeden Sommer zur Eiablage auf dieselben Sandflächen zurück. Das im La Jolla Park etablierte Modell für Unterwasserschutzgebiete wurde seitdem an 124 Meeresschutzgebieten entlang der 1.100 Meilen langen kalifornischen Küste repliziert.